CIENCIA

La supercomputadora de IBM identifica 77 compuestos que podrían combatir el coronavirus

La supercomputadora Summit entró en funcionamiento hace varios años con más potencia informática que cualquier otro sistema no distribuido. El Departamento de Energía de EE. UU. Anunció a principios de este mes que convertiría la enorme potencia informática del sistema en la pandemia de COVID-19. La máquina ha estado procesando los números y ahora identificó 77 compuestos químicos que podría ayudar a detener el coronavirus.

Summit es la supercomputadora más poderosa de la Tierra por un amplio margen, y también es la tercera con mayor eficiencia energética. Utiliza 10MW de potencia para mantener funcionando sus 9.216 CPU POWER9 de 22 núcleos y 27.648 GPU Nvidia Tesla V100. Tiene un rendimiento máximo teórico de más de 200 petaflops y ha demostrado 148,6 petaflops en la práctica mientras operaba en el Laboratorio Nacional de Oak Ridge.

El objetivo de la enorme potencia informática de Summit es una proteína específica en la superficie de la partícula del virus. Como otros virus, el SARS-CoV-2 necesita infectar células para hacer copias de sí mismo, y lo hace con la ayuda de la proteína Spike. Estas moléculas en la superficie del virus se unen a los receptores de la enzima convertidora de angiotensina 2 (ACE2) en las células humanas, lo que permite al virus inyectar su genoma y secuestrar la maquinaria celular.

Summit ha realizado simulaciones en más de 8.000 compuestos, buscando moléculas que pudieran inactivar el virus. Los primeros resultados de Summit han identificado 77 compuestos que podrían unirse a la proteína Spike, evitando que se una a las células humanas.

La supercomputadora Summit cubre tanto espacio como dos canchas de baloncesto. Crédito: Carlos Jones / ORNL, CC BY 2.0

Desafortunadamente, Summit no puede diseñar un tratamiento por sí solo. Todo ese poder de procesamiento es excelente para simular interacciones moleculares, pero no es ideal para el proceso matizado del análisis clínico. Todo lo que sabemos ahora es que estas 77 moléculas tienen una buena posibilidad de bloquear la unión de la proteína Spike a las células. Ni siquiera sabemos si los compuestos que Summit ha identificado son seguros para su uso en humanos.

Las autoridades médicas deberán evaluar los compuestos y realizar pruebas de laboratorio, que eventualmente pueden conducir a pruebas clínicas con sujetos humanos. Esto es solo parte de nuestros esfuerzos para frenar la propagación de COVID-19. Trabajar en una vacuna es independiente de esto. Una vacuna podría evitar que se produzcan infecciones, pero un tratamiento basado en el trabajo de Summit podría ayudar a aliviar los síntomas del COVID-19 y aumentar las tasas de supervivencia. Desafortunadamente, las vacunas son mucho más difíciles de desarrollar.

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